操作系统
Linux
最近更新
2024年10月24日
使用许可
试用
语言
不支持中文
开发者
BioSolveIT
文件大小
134.81 MB

BioSolveIT SeeSAR是由BioSolveIT公司设计和开发的一款专业的计算机辅助药物设计软件。它广泛应用于分子和原子化合物的模拟、设计、评估以及药物活性预测等方面,为药物研发科学家和化学家提供了强大的工具和功能支持。


分子建模和视觉化

SeeSAR能够在计算机平台上实现高效的分子建模和虚拟试验。

能够构建、编辑和优化化合物的三维结构,提供直观的分子可视化,帮助用户观察分子结构、相互作用和立体构型。


药理学评估

SeeSAR提供了强大的药理学评估工具和模块,用于预测化合物与目标蛋白质之间的相互作用、亲和力和抑制活性等参数。

用户可依据评估结果对候选化合物进行筛选和优化,加速药物研发过程。


药物活性预测

SeeSAR基于结构活性关系(SAR)模型,通过分析和比较分子的物理和化学性质,预测新化合物的活性。

SeeSAR有助于研发人员在大规模化学空间中快速筛选出潜在的活性物质,并理解化合物结构与活性之间的关联。


储存和检索化学信息

SeeSAR提供了化学数据库的功能,允许用户方便地储存、管理和检索化合物及相关数据。

通过高效的搜索引擎和注释工具,用户可以轻松查找和组织已有的化合物信息,加速药物设计过程中的决策和思考。


用户界面与操作

SeeSAR具有建模软件中最简单的用户界面之一,使用嵌入在每个工具中的适当解释指导用户按照模型顺序进行操作。

使用图形设备显示原子连接,并在几分之一秒内计算参数,提高了工作效率。

14.0.0 版本更新说明:

推出 Chemical Space Docking™:

SeeSAR 14 'Atlas' 引入了一种全新的虚拟筛选范式,颠覆了数十年来的传统概念,开启了药物发现的新时代。通过利用数十亿到万亿规模的合成可达组合化学空间的潜力,Chemical Space Docking™ 成为了一种高效且经济的方法,可以从这些超大规模的化学空间中检索相关化合物,进入目标结构的结合位点。


主要功能

  • 空间对接模式:Chemical Space Docking 现已作为 SeeSAR 的专用模式提供。
  • HPSee 2.0 集成:成功执行 Chemical Space Docking 需要安装和设置 HPSee 2.0 'Electra'。
  • 化学空间管理:通过 HPSee 仪表板上传和管理化学空间(来自 BioSolveIT 或内部),以便在 SeeSAR 中无缝访问。


Chemical Space Docking 工作流程

  1. 蛋白质准备:在 SeeSAR 中加载蛋白质并定义结合位点。
  2. 空间选择:在空间对接模式中选择可用的化学空间。需要事先将空间上传到 HPSee 才能在 SeeSAR 中使用。
  3. 工作流启动:通过点击 "I/O" 按钮开始 Chemical Space Docking 过程。
  4. 结合位点增强(可选):使用药效团约束和/或模板分子增强结合位点定义。
  5. 锚定步骤:启动锚定步骤以识别初始片段位置。
  6. 扩展步骤:选择合适的片段进行扩展 1 和后续步骤,直到生成所需的完整分子。


重要说明

  • 空间对接模式中的数据表(除 "结果" 步骤外)显示服务器端数据,不会保存到 SeeSAR 的本地项目数据库中。
  • 重新启动工作流中的某个步骤 将删除该步骤及其后续步骤的现有数据。



SeeSAR 14.0 的其他增强功能

用户界面和可视化

  • 专用模板区域:对接和相似性扫描模式现在具有专门的模板分子区域,改善了数据表中的视觉和功能区分。
  • 可折叠的数据表条目:数据表条目可以折叠和重新打开,优化屏幕空间使用。
  • 增强的裁剪:3D 裁剪显著改进,现更名为 "目标裁剪",对裁剪组件有精细的控制,默认裁剪表面和链。


文件处理和互操作性
  • PDBx/mmCIF 支持:原生导入和导出 PDBx/mmCIF 格式的文件。与 SeeSAR 14.0 关联的命令行工具,包括 FlexX 6.2、Hydescorer 2.2、FlexS 5.2 和 FastGrow 1.3,现在支持 mmCIF 格式的文件作为输入。
  • 多蛋白-配体复合物导出:从 Analyzer、Inspirator 和对接模式中导出多个蛋白-配体复合物为 .cif 或 .pdb 格式,便于下游分析(如 MD 模拟)的准备。
  • SeeSAR-infiniSee 兼容性:"收藏夹" 和 "注释" 从 infiniSee 导出为 SD 文件并在 SeeSAR 中加载时保留,反之亦然。


稳定性和性能改进
  • 许可服务器警报:用户在失去与许可服务器的连接后 5-7 分钟内会收到通知,防止意外关闭。

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